يعتبر جهاز أبوظبي للرقابة الغذائية معتمد عالمياً من قبل الهيئة البريطانية لاعتماد المختبرات (UKAS) حسب المواصفة العالمية ISO/IEC 17025 في مجال التحاليل المخبرية منذ عام 1999. وقد أشاد سمو الشيخ منصور بن زايد آل نهيان وزير شؤون الرئاسة رئيس مجلس إدارة جهاز أبوظبي للرقابة الغذائية بالمستوى المتميز التي وصلت إليه مختبرات جهاز أبوظبي للرقابة الغذائية ,والذي امتد ليشمل اعتماد المختبرات بمدينة العين من الجهة نفسها في 11- 15 نوفمبر 2007 على المواصفة الدولية ISO/IEC 17025.
وتحقيقاً لرؤيته في أن يكون مؤسسة معترف بها دوليا في مجال الزراعة وسلامة الأغذية وضمن الخطة الإستراتيجية الخمسية 2009-2013 ينوي الجهاز أن يطبق الأنظمة التالية:-
1. ISO-9001: هو نظام يهدف إلى تحسين أسلوب الإدارة في سبيل تحقيق جودة ذات مستوى عال تستطيع من خلالها المنشأة أن تنظم عملياتها وتدير مواردها وتحسنها بشكل اقتصادي في كافة الأنشطة التي تقوم بها.
2. ISO-14001: تعرف هذه المواصفة بمتطلبات الإدارة البيئية لتمكين المنشأة من صياغة سياسة وأهداف تأخذ في الاعتبار المتطلبات التشريعية والنواحي البيئية الهامة وذلك بهدف تحقيق مزيد من التطوير والتحسين في نظام حماية البيئة مع إيجاد توازن مع احتياجات البيئة.
3. ISO-17020: هي مواصفة تعنى بنشاطات مختلفة لأنظمة التفتيش بالجهاز.
4. OHSAS 18001: هي مواصفة تعنى بالسلامة والصحة المهنية.