تأسس جهاز أبوظبي للرقابة الغذائية بموجب القرار الصادر عن صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان، رئيس دولة الإمارات العربية المتحدة، حاكم إمارة أبوظبي، بالقانون رقم (2) في شهر مارس لعام 2005م، وذلك لحماية الإنسان من مخاطر الأغذية وضمان سلامة جودة الأغذية للاستهلاك الآدمي وإجراء الدراسات والأبحاث اللازمة للمحافظة على سلامة الأغذية.

وفي أبريل عام 2007م صدر القانون رقم (5) الخاص بتعديل بعض أحكام القانون السابق  الذي تم بموجبه إضافة سلطة إصدار اللوائح والتشريعات والقرارات المنظمة لأصناف الغذاء المعروضة أو المقدمة للاستهلاك الآدمي.

ويتألف الجهاز من القطاعات التالية: سلامة الغذاء وصحة الحيوان، الخدمات المؤسسية، الإستراتيجية وإدارة الأداء، السياسات واللوائح، الزراعة، التطوير، المستشفيات والعيادات البيطرية.